Alexandrian koptilainen ortodoksinen kirkko, jota kutsutaan myös koptilaisiksi ortodoksiseksi kirkoksi, itämaiseksi ortodoksiseksi kirkoksi ja pääasiassa muslimi-egyptin kristittyjen kirkkoksi. Egyptin ihmiset ennen arabien valloitusta 7. vuosisadalla tunnistivat itsensä ja kielensä kreikkaksi nimellä Aigyptios (arabian qibṭ, länsimaalainen kuin kopti). Kun egyptiläiset muslimit lakkasivat myöhemmin kutsumasta itseään Aigyptioiksi, termistä tuli kristillisen vähemmistön tunnusomainen nimi. 1800- ja 1900-luvuilla he alkoivat kutsua itseään koptilaisiksi ortodoksiksi erottaakseen sekä roomalaiskatolisuuteen siirtyneistä kopteista (ks. Myös koptikatolisten kirkko) että itäosien ortodoksista, jotka ovat enimmäkseen kreikkalaisia (ks. Myös Kreikan ortodoksinen patriarkaatti) Alexandria).
Neljännellä ja viidennellä vuosisadalla koptien ja kreikkankielisten roomalaisten tai melkilaisten välillä syntyi teologinen konflikti Egyptissä. Chalcedonin neuvosto (451) hylkäsi monofysiikan opin - uskon, että Jeesuksella Kristuksella oli vain jumalallinen, ei inhimillinen luonto - ja vahvisti sekä hänen jumalallisuutensa että ihmisyytensä. Melkilaiset tunnustivat Chalcedonin lopputuloksen. Koptilaisesta kirkosta tuli kuitenkin yksi monista itäisistä kirkoista, jotka hylkäsivät krologisen kielen Chalcedonissa sovituista Kristuksen luontoista. Vaikka roomalaiskatoliset ja itämaiset ortodoksiset kirkot tuomitsivat nämä itäkirkot monofysiikan harhaoppilaisiin, koptilainen kirkko ja muut prekalkotedoniset tai (1900-luvulta lähtien) itämaiset ortodoksiset kirkot ottivat teologisen kannan, jota kutsutaan miaphysitismiksi. Tunnustamalla Alexandrian Pyhän Kirilin (n. 375–444) lausunnon, joka julistaa Jumalan ”yhden sanan inkarnoituneen luonteen”, miafysitit julistivat, että sekä Kristuksen ihmiskunta että jumalallisuus olivat läsnä yhtäläisesti inkarnaation kautta yhdessä luonteessa (siis Kreikan etuliite mia, ”sama”) kuin Sana teki lihaksi. Sen sijaan, että he kieltäisivät Kristuksen ihmiskunnan, kuten heitä syytettiin, koptilaisissa ja muissa miaphysite-kirkoissa annettiin sekä hänen ihmisyytensä että jumaluutensa tasa-arvoiselle läsnäololle Kristuksen henkilössä.
Egyptin arabien valloituksen jälkeen 7. vuosisadalla koptit lakkasivat puhumasta kreikkaa, ja kielellinen este lisäsi kiistaa. Bysantin keisarien erilaiset kompromissiyritykset olivat tyhjiä. Myöhemmin arabikalifit, vaikka he yleensä suosivat islamin omaksijoita, eivät puuttuneet paljon kirkon sisäisiin asioihin. Jizya, vero, jota kannettiin islamilaisessa valtiossa asuvista ei-muslimeista, poistettiin 1800-luvulla.
Arabiaa käytetään nyt koptilaisessa ortodoksisessa kirkossa Raamatun opetuksissa ja monissa muuttuvissa lauluissa; vain tietyt lyhyet pidätykset, jotka kirkon ihmiset ymmärtävät, eivät ole arabian kieltä. Palvelukirjat käyttävät Pyhän Markuksen, Alexandrian Pyhän Kirillin ja Nazianzuksen Pyhän Gregoryn liturgioita, ja ne kirjoitetaan koptissa muodossa (Aleksandrian bohairic murre) ja arabialainen teksti rinnakkaissarakkeissa.
Koptilainen ortodoksinen kirkko kehitti demokraattisen hallintojärjestelmän 1890-luvun jälkeen. Patriarkka ja 12 hiippakunnan piispaa säätelevät kirkkojen ja koulujen taloutta sekä avioliittoon, perintöön ja muihin henkilökohtaiseen asemaan liittyvien asioiden hallintaa yhteisöneuvostojen avulla, joissa ilmailut ovat hyvin edustettuna. Patriarkan kuollessa vaalikokoelma, pääasiassa maallikoita, valitsee kolme asianmukaisesti pätevää munkkia, jotka ovat vähintään 50-vuotiaita, patriarkan virkaan. Näistä kolmesta lopullinen valinta tehdään arvalla rukouksen jälkeen.
Korkein piispa on Alexandrian patriarkka, joka asuu Kairossa; häntä kutsutaan paaviksi ja hän vaatii apostolista auktoriteettia virkaansa Pietarista. Kirkolla on omat peruskoulut ja lukionsa monissa paikoissa Egyptissä, samoin kuin vahva sunnuntaikoululiike uskonnolliselle koulutukselle lapsille, jotka eivät voi käydä koptilaisissa kouluissa. Kairossa on koptistutkimuksen instituutti, instituuttiin liittyvä teologinen korkeakoulu ja koptilainen museo; koptisen ortodoksisen kirkon opetuksesta on tullut jopa perusta opetusohjelmalle, jota käytetään kristittyjen lasten uskonnollisessa opetuksessa valtion kouluissa.
Jerusalemissa ja muilla Pyhän maan alueilla on rakennettu koptisten ortodoksisten kirkkojen rakennuksia 19. ja 20. vuosisadalla, samoin kuin koptisten piispakuntien yhteydessä Khartoumissa, Sudanissa. Kirkolla on myös pieni läsnäolo Pohjois-Amerikassa, Australiassa ja Iso-Britanniassa. Etiopian, armenian ja syyrian ortodoksiset kirkot ovat kaikki itämaisia ortodoksisia kirkkoja yhteydessä koptisen ortodoksisen kirkon kanssa. Rooman katolisen ja itäisen ortodoksisen kirkon mielestä itämaisia ortodoksisia kirkkoja pidettiin harhaoppisena vuosisatojen ajan. 1900-luvun lopulta lähtien koptilainen ortodoksinen kirkko on muiden itämaisten ortodoksisten kirkkojen tavoin aloittanut vuoropuhelun molempien kanssa ratkaisemalla monia teologisia kiistoja ja hankkinut tunnustusta doktriinisesti vallitsevasta ortodoksisesta kristinuskosta.
