Alueellinen neuvosto hyväksyi lipun vuonna 1967. Sen epätasaisista pystysuorista raidoista viitataan ”Kanadan vaaleaksi”, koska ne vastaavat Kanadan kansallisessa lipussa olevia linjoja. (Heraldistossa vaalea on kilpi keskellä oleva pystysuora raita, joka kattaa yleensä yhden kolmasosan tai vähemmän alueesta.) Yukonin lipun vihreä raita on tarkoitettu alueen metsille, kun taas sininen on joille ja järville; valkoinen on arktiseen lumiin. Keskeinen tunnus on virallinen Yukonin vaakuna, joka myönnettiin alueelle kuninkaallisella päätöksellä 24. helmikuuta 1956. Tämän vaakunan on suunnitellut komentaja Alan B. Beddoe, kun taas lippu oli Haines Junctionin opiskelijan Lynn Lambertin käsite.
Vaakunan harjassa on malamuutti koira, jota käytettiin laajasti mineraalirikkaan Yukon-alueen avaamisessa eurooppalaiseen asumiseen. Kilven aaltoileva pystysuora raita tarkoittaa Yukon-jokea, punaiset kolmiot viittaavat vuoristoon ja kultalevyt viittaavat kultaan ja muihin mineraaleihin. Pyhän Yrjön risti (Englanti) sekä turkiksen heraldinen symboli ja alueellinen kukka (tulipalo) valmistavat vaakasuunnitelman.
