Bosnia, sen etnisen väestöryhmän kanssa, ei koskaan kehittänyt omia kansallisia symboleja. Esimerkiksi kommunistien johtamassa Jugoslaviassa vuosina 1946–1991, esimerkiksi Bosnian ja Hertsegovinan sosialistinen tasavalta käytti kantonissa yksinkertaisesti punaista lipua, jossa oli pieni versio Jugoslavian kansallisesta lipusta. Aikanaan itsenäisyyden julistamista 3. maaliskuuta 1992 ei ollut olemassa mitään lippua, joka olisi hyväksyttävä maan bosnialaisille, serbille ja kroaateille. Siksi Bosnian hallitsema hallitus hyväksyi sen, mitä se toivoi olevan kaukaisesta menneisyydestä neutraali symboli. Se valitsi kuningas Stjepan Tomašin (hallitsi 1443–61) käyttämän vaakunan, jonka se antoi Bosnia keskiaikaiselle hallitsijalle Tvrtko I: lle (1377–91). Tuo sininen kilpi valkoisella diagonaalilla raidalla, joka erotti kuusi kultaista fleurs-de-lis-asetusta, asetettiin valkoisen lipun keskelle. Zvonimir Bebek loi taiteellisen luovutuksen, joka hyväksyttiin virallisesti 4. toukokuuta 1992.
Monet kroaatit ja serbit hylkäsivät tämän lipun, kun kansakunta liukastui sisällissotaan. Yhdysvaltojen Ohiossa Daytonissa vuonna 1995 allekirjoitetuissa rauhansopimuksissa tunnustettiin maan jako Serbian tasavallan ja Bosnia ja Hertsegovinan federaation välillä, jota kutsutaan usein kroaatti-muslimiliittoksi. Jokaisella valtiolla oli omat symbolit, ja kroaatit jatkoivat Kroatian lipun käyttöä mieluummin kuin liittovaltion lippu, mutta vuoden 1992 tasavallan lippu tunnustettiin edelleen kansainvälisesti.
Vuoden 1995 sopimuksissa vaadittiin lopullista lipun luomista vuoden 1992 mallin korvaamiseksi, mutta kansallinen lainsäätäjä oli tehoton tässä suhteessa. Siten Yhdistyneet Kansakunnat perustivat uuden lipun (4. helmikuuta 1998), jota ei voitu yhdistää symbolisesti yhteen etniseen, uskonnolliseen tai poliittiseen ryhmään.
