Keski-Amerikka julisti 1. heinäkuuta 1823 kahden vuoden kuluttua Meksikon hallituksesta ja perusti Keski-Amerikan yhdysvallat. Vuonna 1838 Honduras erottui Yhdistyneistä maakunnista, vaikka se jatkoikin liittovaltion lipun käyttöä, joka oli päivätty vuodelta 1823. Sisällissodat ja hyökkäykset ulkomailta kärsivät Hondurasia vuosina 1840–1862. Seuraavina rauhanvuosina huomio kohdistettiin asianmukaiseen kansallisiin symboleja. 16. helmikuuta 1866 päätettiin, että Keski-Amerikan sinivalkoinen-sininen lippu säilytetään, mutta siinä on erottuva uusi keskeinen symboli. Valittu malli koostui viidestä sinisestä tähdestä, jotka symboloivat entisen Keski-Amerikan liiton viittä jäsentä (Honduras, El Salvador, Nicaragua, Costa Rica ja Guatemala). Tähän malliin oli lisättävä kansallinen vaakuna, kun lippu lentäsi merivoimien sota-aluksella.
Honduranin lippu hyväksyttiin vähemmän kuin vuoden kuluttua siitä, kun Yhdysvallat säilytti kansallisen liitonsa sisällissodassa. Samana ajankohtana El Salvador otti käyttöön tähdet ja raidat -kuvioisen lipun, jonka punainen ja sininen väri olivat päinvastainen. On mahdollista, että Hondurasin hyväksymät tähdet yhdessä sen kolmen raidan kanssa ovat hienovarainen viittaus Yhdysvaltojen lippuun (jossa kukin tähti tarkoittaa yhdistynyttä valtiota), etenkin kun otetaan huomioon ehdotetun Keski-Amerikan jatkuva tuki. federaation, joka löytyi Honduranin intellektuellien ja poliitikkojen joukosta, ainakin julkisissa lausunnoissaan. 18-luvun lopulla ja 20-luvun alkupuolella tehtiin useita epäonnistuneita yrityksiä viiden maan yhdistämiseksi, joka kerta horisontaalisen sinivalkoisen-sinisen lipun alla. (Katso myös El Salvadorin, Guatemalan, Costa Rican ja Nicaraguan lippuhistoriat.)
