Moldova julisti itsenäisyytensä ensimmäisen maailmansodan aikana. Aikoinaan vuosisatojen ajan se oli ollut osa Moldaviaa, Venäjää, Ottomaanien valtakuntaa ja Romaniaa, ja sen symbolit ovat peräisin historiallisista ja kulttuurisista yhteyksistä Moldovan ja Romanian kanssa. Sen joulukuun 1917 lippu oli perinteinen romanialainen kolmivärinen sininen, keltainen ja punainen vaakasuunnassa. Keskellä oli aurochin pää, kuolleena sammunut eurooppalainen härkä. Tämä lippu lentäi vain lyhytaikaisesti, koska Moldova sisällytettiin Romaniaan huhtikuussa 191. Neuvostoliitto osti Moldovan vuonna 1940, ja Saksan ja Romanian miehityksen jälkeen vuoteen 1944 Moldovan Neuvostoliiton sosialistinen tasavalta palautettiin uudelleen. Sen vuonna 1952 hyväksytty erottuva lippu lisäsi vihreän vaakasuuntaisen raidan Neuvostoliiton punaisen banderolin keskikohdan läpi. Greenin sanottiin edustavan alueen viininviljelyä ja muuta maatalouden toimintaa.
Vuonna 1989 kommunistihallinnon vastainen kiihtyminen oli voimakasta Moldovassa, ja sinivihreä-punaisesta Romanian kolmiväristä tuli suosittu symboli. Se korvasi virallisesti kommunistisen lipun toukokuussa 1990. Uusi perinteisiin malleihin perustuva Moldovan vaakuna lisättiin saman vuoden marraskuun 3. päivänä: Kotkan rinnassa on kilpi, jossa on aurokkien pää, jota ympäröi puolikuu, tähti ja kukka. Kotka, joka on Romanian Walachian alueen perinteinen tunnus, pitää valheessa ja oliivipuussa oksissa ja ristissä nokassaan. Kilven punainen, sininen ja kultaväri heijastavat kansallista kolmiväriä. Lippu pysyi virallisena Moldovan itsenäistymisen jälkeen vuonna 1991.
