Keski-Amerikan itsenäisyys julistettiin ensin 15. syyskuuta 1821, mutta sitten Meksiko alisti alueen kahdeksi vuodeksi. Keski-Amerikan vastikään itsenäisten Yhdysvaltain maakuntien lippu hyväksyttiin 21. elokuuta 1823, ja se koostui sini-valko-sinisistä raidoista, joiden keskellä oli kansallinen vaakuna. Nämä aseet sisälsivät periaatteessa samoja muotoiluelementtejä, joita Nicaragua käyttää tänään. Jopa sen jälkeen kun viidestä liittovaltion jäsenmaasta tuli itsenäisiä maita, Nicaragua jatkoi vanhan lipun nostamista. Lopuksi, vuonna 1854, valittiin uusi keltainen-valkoinen-scarlet-Nicaraguan-vaakasuuntainen kolmivärisävy, mutta se ei lentänyt kauan. Sisällissota ja Pohjois-Amerikan väestönosien (sotilaallisten seikkailijoiden) interventiot johtivat myöhemmin joukko lippujen käyttöönottoa ja vaihtamista nopeasti.
Vuonna 1908 vanha liittovaltion lippu otettiin uudelleen käyttöön Nicaraguan kansallisena lippana asianmukaisilla muutoksilla vaakunaan. Tämä perussuunnittelu ja muutokset vaakunaan vahvistettiin uudelleen 27. elokuuta 1971 annetulla lailla, vaikka Sandinista-liikkeen puna-musta vaakasuuntainen kaksivärisävy oli tosiasiassa toissijainen kansallislippu Sandinista-hallinnon vuosina (1979). -90). Lippun vaakunaan sisältyy tasa-arvon kolmio, vapauden korkki ja viisi tulivuoria kahden valtameren välillä, mikä symboloi viittä alkuperäistä Keski-Amerikan maata Atlantin ja Tyynenmeren valuma-alueiden välillä.
