John Knowles Paine, (syntynyt 9. tammikuuta 1839, Portland, Maine, USA - kuollut 25. huhtikuuta 1906, Cambridge, Massachusetts), säveltäjä ja urut, ensimmäinen amerikkalainen, joka sai laajan tunnustuksen säveltäjänä ja ensimmäinen musiikin professori amerikkalainen yliopisto.
Perusteellisen musiikkitaidon jälkeen Portlandissa Paine suoritti opintonsa Berliinissä (1858–61). Vuonna 1861 hän aloitti Bostonissa urkujen kappaleiden ja luentojen sarjan, joka johti hänen nimittämiseen vuonna 1862 Harvardin yliopiston musiikin ohjaajaksi (myöhemmäksi professoriksi). Hänen järjestämästään musiikkiosastosta tuli malli monille muille amerikkalaisille yliopistoille.
Sekä opettajana että säveltäjänä hänellä oli merkittävä vaikutus musiikin kehitykseen Yhdysvalloissa. Hänen teoksiaan, jotka ovat yleensä mallinnetut saksalaisen klassikon mukaan, sisältyy kaksi sinfoniaa, Missa D (1866–67) ja oratorio Pyhä Pietari (1872).
