Polychaete-hypoteesi, teoria, että konodondit (pienikokoiset hammasmaiset rakenteet, joita löydetään fossiileina merikiveistä) ovat polychaete-matojen leukalaitteiston osia, annelidien luokkaa tai segmentoituja matoja. Konodondit muistuttavat muodoltaan polychaete-madojen leuat (scolecodonts), ja ne löytyvät vasemmasta ja oikeasta parista, samoin kuin scolecodonts. Polychaete-hampaat tunnetaan jo Ordovicin ajanjaksolla (noin 505 - 438 miljoonaa vuotta sitten), mutta konodonttien ensimmäinen kiistaton esiintyminen tapahtui aikaisemmin, myöhään Kambrian aikakaudella (noin 523 - 505 miljoonaa vuotta sitten). Väitteitä conodont-polychaete-suhteesta ovat se, että skolekodonit muuttuvat vain vähän ajan myötä, kun taas konodonteilla on suuri vaihtelu ja kehitys ajan myötä. Scolecodonts koostuvat kitiinistä, kestävästä, kiimaisesta materiaalista, joka on koostumukseltaan samanlainen kuin kynnet. Konodondit koostuvat kuitenkin kalsiumfosfaatista, kuten selkärankaisten luurankoissa. Jotkut tuntemattomat ryhmät polyketesit ovat saattaneet kyetä erittämään kalsiumfosfaatin rakenteita, mutta suuret erot kasvomuodossa konodonttien ja polychaete-leukojen välillä muodostavat vakuuttavan argumentin polychaete-hypoteesia vastaan.
