Roderick MacKinnon, (s. 19. helmikuuta 1956, Burlington, Massachusetts, USA), amerikkalainen lääkäri, Nobelin kemian palkinnon ydinosaaja vuonna 2003 edelläkävijäntutkimuksestaan solukalvojen ionikanaville. Hän jakoi palkinnon Peter Agren, myös Yhdysvaltojen, kanssa.
MacKinnon on suorittanut MD-tutkinnon Tufts University School of Medicine -yksikössä vuonna 1982. Usean vuoden lääketieteen harjoittamisen jälkeen hän siirtyi perustutkimukseen, aloittaen vuonna 1986 tutkijatohtorilla ioni-kanavilla Brandeisin yliopistossa. Vuonna 1989 hän liittyi Harvardin yliopistoon, ja vuonna 1996 hän muutti Rockefeller Universityyn professoriksi ja laboratorion päälliköksi. Vuotta myöhemmin hänet nimitettiin tutkijaksi Rockefellerin Howard Hughes -instituutiossa.
Ionikanavat, jotka ovat erityisen tärkeitä hermostolle ja sydämelle, ovat solukalvojen erikoistuneita aukkoja, jotka mahdollistavat ionien, kuten kaliumin ja natriumin, virtaamisen helposti soluihin ja niistä pois; vastaavia rakenteita on myös veden läpikulkua varten. MacKinnonin uraauurtava työ keskittyi “suodattimiin” kanavissa, jotka läpäisivät yhden tyyppisiä ioneja samalla estäen muita. Ymmärtääkseen kuinka nämä suodattimet toimivat, hän sai terävämpiä kuvia kanavista röntgendiffraktiolla. Vuonna 1998 hän määritteli ionikanavan kolmiulotteisen molekyylirakenteen. Kanavan, MacKinnon löysi, on arkkitehtuuri, joka on mitoitettu tavalla, joka poistaa helposti kaliumioneja - mutta ei natriumioneja - niihin liittyvistä vesimolekyyleistä ja antaa niiden liukua läpi. Hän löysi myös molekyylisen “anturin” solun sisätilaa lähinnä olevan kanavan lopusta, joka reagoi olosuhteisiin solun ympärillä lähettämällä signaaleja, jotka avaavat ja sulkevat kanavan sopivina ajankohtina. Hänen edelläkävijätyönsä antoi tutkijoille mahdollisuuden kehittää lääkkeitä sairauksiin, joissa ionikanavilla on merkitystä.
