Sir John Murray, (syntynyt 3. maaliskuuta 1841, Cobourg, Ont., Kanada) - kuollut 16. maaliskuuta 1914, lähellä Kirklistonia, Länsi-Lothianissa (nyt Edinburghissa), Skotlannissa), skotlantilainen kanadalainen luonnontieteilijä ja yksi meritieteen perustajista., joiden erityisiä etuja olivat valtamerten valuma-alueet, syvänmeren esiintymät ja koralliriuttajen muodostuminen.
Vuonna 1868 Murray aloitti meren eliöiden keräämisen ja monenlaisten merentutkimushavaintojen suorittamisen retkillä Norjan edustalla sijaitseville Jan Mayenin ja Spitsbergenin arktisille saarille. Murray teki paljon järjestäessään Challenger-retkikunnan (1872–1976), joka antoi erittäin arvokasta panosta karttojen laatimiseen, kartoittamiseen ja biologiseen tutkimukseen, ja hän auttoi sitä varustamaan laitteilla meritieteellisten tutkimusten suorittamiseksi. Retkikunnan luonnontieteilijänä hänet asetettiin vastuussa kerätyistä biologisista näytteistä. Edinburghin piti he herättivät meribiologien huomion ympäri maailmaa 20 vuoden ajan.
Retkikunnan johtajan Sir Wyville Thomsonin (1882) kuoleman jälkeen Murray sai päätökseen 50-osaisen raportin julkaisun HMS Challengerin matkan tieteellisistä tuloksista (1880–95). Hän ohjasi myös Skotlannin vesien biologisia tutkimuksia (1882–1994), kartoitti Skotlannin järvien syvyyksiä (1906) ja osallistui Pohjois-Atlantin valtameren tutkimusmatkaan (1910). Hänet ritarittiin vuonna 1898. Hänen kirjoituksiinsa sisältyy paperi ”Koralliriuttajen ja saarien rakenteesta ja alkuperästä” (1880) ja Johan Hjortin kanssa Valtameren syvyydet (1912).
