Biogeokemia, epäorgaanisten kemiallisten elementtien käyttäytymisen tutkimus geologisessa laajuudessa biologisissa järjestelmissä toisin kuin orgaanisessa geokemiassa, joka on geologisissa materiaaleissa ja meteoriiteissa esiintyvien orgaanisten yhdisteiden tutkimus, mukaan lukien ongelmalliset biologiset alkuperät. Biogeokemiaan ja orgaaniseen geokemiaan luokiteltuja aiheita ovat öljyn alkuperä, elämän alkuperä, primitiivisten ilmakehien koostumus, mineraaliesiintymien biogeokemialliset tutkimukset, tiettyjen malmiesiintymien alkuperä, luonnonvesien kemia, maaperän muodostuminen ja kemia hiiltä. Biologinen aktiivisuus vaikuttaa lähes kaikkiin maapallon pinnalla tapahtuviin geologisiin prosesseihin.
