Comayagua, kaupunki, Hondurasin länsi-keskusta, Humuya-joen oikealla rannalla hedelmällisessä laaksossa.
Vuonna 1537 perustettu kaupunki Valladolid de Santa María de Comayagua, kaupunki toimi Espanjan siirtomaapääkaupungina Hondurasin maakunnassa. Sen nimimuunnelmaa Comayaguela käytetään Tegucigalpan hallintoalueella. Se kärsi vahinkoja Hondurasin 1800-luvun poliittisissa murroissa ja kilpaileessaan Tegucigalpan kanssa kansallisen pääoman asemasta, mutta vasta vuonna 1880 pääomaa siirrettiin lopulta Tegucigalpaan. Kaupunki kärsi myös useista maanjäristyksistä ja toistuvista tulipaloista.
Siirtomaarakennuksiin kuuluu merkittävä espanjalainen barokkikatedraali (1715), neljä 1500-luvun kirkkoa ja entinen yliopisto - ensimmäinen Keski-Amerikassa, perustettu vuonna 1632. Comayagua valmistaa lääkkeitä, kenkiä, hartseja, sementtituotteita ja keramiikkaa; se on Länsi-Hondurasin kaupallinen keskus. Kansallinen maatalouden keskus sijaitsee kaupungissa. Suuri osa keskustasta, mukaan lukien katedraali ja keskuspuisto, on kunnostettu palauttamaan kaupungin siirtomaa-ilmapiiri ja ainutlaatuinen viehätys.
Valtamerten välinen valtatie kulkee kaupungin läpi. Comayagualla on myös lentokenttä, joka parannettiin 1980-luvun alkupuolella sotilaalliseksi lentotukikoksi. Aivan Comayaguan ulkopuolella on Palmerola, Yhdysvaltain ylin armeijan tukikohta Hondurasissa, joka on jaettu Honduranin ilmavoimien kanssa. Pop. (2001) 55,368; (2013) 92,883.
