Guinean ja Kap Verden itsenäisyyden Afrikkalainen puolue (PAIGC) löysi näissä Portugalin siirtokunnissa valmiita tukemaan viestiään sosiaalisesta ja taloudellisesta kehityksestä poliittisen vallankumouksen kautta. Vuonna 1961 se hyväksyi lipun, joka muistuttaa jonkin verran naapurimaiden itsenäisiä Guinea- ja Ghana-maita, jotka keskustelivat sitten tulevasta Länsi-Afrikan maiden liitosta. Panafrikkalaiseen puna-kelta-vihreään Guinea-Bissaun vapautusliike lisäsi mustan tähden nostinraitaan. Tämä raita ja tähti vastasivat maantieteellisesti länsirannikon pääkaupunkia Bissaua (josta kansallinen nimi johdettiin). Lippun jäljellä olevassa osassa olevat vaakasuorat raidat ja niiden keltaiset ja vihreät värit vastasivat suunnilleen pohjoisen savanneja ja eteläisiä metsiä.
Virallisesti mustan tähden sanottiin olevan PAIGC: n johdon symboli, sen väri viittaa afrikkalaisiin ihmisiin ja heidän päättäväisyytensä elää ihmisarvoa, vapautta ja rauhaa. Keltaista tulkittiin sadon ja työn hedelmien symboliksi sekä maataloudessa että muuten. Green muistutti valtavista viidakoista ja maatalousmaista, jotka tarjosivat toimeentulon suurimmalle osalle kansalaisia. Puolueen lippu sisälsi myös PAIGC-nimikirjaimet, jotka jätettiin pois, kun itsenäisyys julistettiin 24. syyskuuta 1973. Portugali tunnusti Guinea-Bissaun tai sen lipun vasta vasta oman vallankumouksensa jälkeen vuonna 1974; kuitenkin suuri osa Guinea-Bissausta oli jo PAIGC: n ja sen lipun alla. Kap Verde hylkäsi lopulta PAIGC: n marxilaisen politiikan ja muutti kansallisen lipunsa, mutta Guinea-Bissau säilyttää alkuperäisen suunnittelun.
