Ennen Kosovon julistamista itsenäisyydestä 17. helmikuuta 2008, sillä ei ollut koskaan ollut poliittista asemaa, joka salli sen oman lipun. Toisen maailmansodan jälkeen Kosovo liitettiin sosialistiseen Jugoslaviaan Serbian tasavallan autonomisena alueena (myöhemmin autonominen provinssi). Liittohallitus hyväksyi liput vain useille Jugoslavian tasavalloille. Kosovossa asuvien etnisten albaanien sallittiin kuitenkin lopulta lentää Albanian lippu.
Kosovo pysyi osana Serbiaa sosialistisen Jugoslavian hajoamisen jälkeen 1990-luvun alkupuolella, mutta maakunnan separatistinen liike vahvistui koko vuosikymmenen ajan. Vuonna 1998 Serbia ryhtyi rankaisutoimiin separatisteja vastaan Kosovossa, jota vuonna 1999 torjui Pohjois-Atlantin sopimusjärjestö (Nato). Kosovo asetettiin Yhdistyneiden Kansakuntien hallintoon, joka pysyi siellä Kosovon vuoden 2008 itsenäisyysjulistuksen jälkeen, kunnes vuonna 2009 Euroopan unionin (EU) virkamiehet korvasivat sen suurelta osin. Serbia ja suuri joukko muita maita vastustivat edelleen itsenäisyysjulistusta.
Virallinen kilpailu järjestettiin Kosovon kansallisen lipun valintaa varten. Suuri osa kilpailuista perustui Albanian lipun suunnitteluun joko suoraan tai epäsuorasti. Valittu malli - EU: n lipun vaikutuksesta - antoi selkeän lausunnon, jossa korostettiin Kosovoa monietnisenä maana. EU: n lipun sinisiä ja keltaisia värejä käytettiin lipun taustalla ja siluetissa vastaavasti kansallisella alueella, ja EU: n lipun valkoisten tähtien ympyrä oli samansuuntainen kuin Kosovon lipun valkoisten tähteiden kaari. Tähtien sanottiin edustavan maan kuutta vallitsevaa etnistä ryhmää (albaanit, bosnialaiset, goranit, romanit, serbit ja turkkilaiset). Kosovon albaanien ja serbien etniset asukkaat kuitenkin jatkoivat kansallisten lippujensa käyttöä.
