Vaikka Panamassa oli secessionistisia liikkeitä, kun se oli osa Kolumbiaa 1800-luvulla, Panaman lippu ei ollut tunnustettu. Vuonna 1903, kun Kolumbian senaatti hylkäsi ehdotetun Yhdysvaltojen kanssa tehdyn sopimuksen, joka olisi edellyttänyt Panaman kanavan rakentamista, amerikkalaiset auttoivat Panaman itsenäisyysliikettä ja Panaman tasavalta muodostettiin.
Alun perin ehdotettiin lipun suunnittelua, joka hyödyntäisi Kolumbian lipun värejä. Se koostui tasavertaisista vaakasuorista punaisen ja keltaisen raidoista sinisellä kantonilla, jossa oli kaksi kytkettyä keltaista aurinkoa, mikä symboloi planeetan kahden puolikkaan yhdistämistä tulevan Panaman kanavan kautta. Lopulta valitun lippujen suunnittelusta tuli virallinen 4. heinäkuuta 1904; se jaettiin neljännesvuosittain kahdella tähdellä. Sille omistettu symboliikka oli kahden suurimman poliittisen puolueen vuorottelu hallituksessa (alun perin punainen oli liberaaleille, sininen konservatiiville ja valkoinen rauhalle niiden välillä), vaikka värit ja tähdet vihisivät selvästi maan lipun vaikutuksesta. Yhdysvallat. Panaman lipun suunnitteli Manuel E. Amador, uuden tasavallan ensimmäisen presidentin poika.
