Slovenian kansallisen lipun valkoisen-sini-punaisen väreille on kaksi lähdettä. Valtakunnallisen etanoliaan varten Slovenia oli Napoleonin sodan aikana hyväksynyt kopion Venäjän lipusta osoittaakseen solidaarisuutta muihin slaavilaisiin kansoihin. Jo aikaisemmin Pyhä Rooman keisari oli kuitenkin myöntänyt vaakunan Carniolan kruununmaalle, joka oli silloin osa valtakuntaa. Tässä vaakunassa oli valkoinen kilpi, jossa oli sininen kotka ja punaisella ja valkoisella ruudun puolikuu rinnassaan. Toinen tärkeä vaakuna Slovenian historiassa oli Celjen kreivikunnan käyttämä vaakuna - sininen kilpi, jossa oli kolme keltaista tähteä. Lopuksi, 1900-luvun kommunistisen hallinnon aikana, Slovenian vaakunassa oli sinisiä ja valkoisia aaltoilevia vaakasuoria viitteitä maan Adrianmeren rannikolle, samoin kuin tyylitelty kolmen piikin vuori - Slovenian korkein, kuuluisa Triglav.
Slovenia julisti itsenäisyytensä 25. kesäkuuta 1991, mutta sen oli taisteltava Jugoslavian armeijaa vahvistaakseen suvereniteettinsa. Itsenäisyyspäivänä korotettu lippu oli perinteinen valko-sini-punainen yleisslaavilainen kolmivärinen. Sen erottamiseksi samanlaisista Venäjän ja Slovakian lipuista nostolaitteen yläkulmaan lisättiin uusi Slovenian vaakuna, joka oli päällekkäin valkoisten ja sinisten raitojen kanssa. Kyseisessä suojassa on yhdistelmä Triglav- ja aaltoilevia kommunististen käsiraitojen keltaisia tähtiä sinisellä pohjalla Celjen kilvestä.
