Kolmas piha
Katoksellinen Felicity-portti johtaa kolmanteen sisäpihalle tai sisimmälle sisäpihalle, jossa oli sulttaanin yksityinen asuinpaikka ja palatsikoulu. Vain sulttaani, hänen perheenjäsenensä, palvelijansa ja satunnaisesti hyväksytty vierailija saapuivat sisään. Sultanin vierailijat pystyivät menemään vain yleisökamariin ja heidän odotettiin noudattavan tiukkoja tapoja. He eivät voineet ottaa yhteyttä silmiin tai puhua suoraan sulttaanille, vaan laskivat päätään, heittivät silmänsä alas ja puhuivat sulttaanin kääntäjän kanssa.
Ennen kuin Murad III muutti asuinpaikkansa haaremiin 1500-luvulla, sulttaanin huoneistot sijaitsivat rakennuksen kolmannella pihalla, jota usein kutsuttiin Pyhien uskontojen kamariksi. Nimi johtuu roolistaan islamin jäännöskappaleiden, mukaan lukien profeetta Muhammedin vaipan, miekan ja keulan, varastona, jotka kaikki saatiin, kun Selim I valloitti Mamlūk-dynastian Egyptissä vuonna 1517, kuljettaen kalifaatin ottomaanille.
Kolmannessa pihassa sijaitsevat myös kuninkaallisten sivujen asuntolat, jotka olivat osa sulttaanin palvelijoiden hierarkiaa. Useimmat sivut rekrytoitiin pojina valloitetuista kristillisistä populaatioista devşirme-järjestelmän kautta, jolloin pojat poistettiin perheistään veron tai kunnianosoituksen muodossa. Saatuaan uusia nimiä ja muutettuaan islamiin, kirkkaimmille pojille annettiin erityiset roolit ja he saivat tiukan koulutuksen ansaitsemalla palkkaa. He seurasivat meritokratiaa ja pystyivät saavuttamaan niin korkeat asemat kuin suuri vierailija, mutta monet miehet vapautettiin 25-vuotiaana ja menivät naimisiin haaremin tyttö tai sulttaanin tytär. Kuninkaallisten sivujen asuntolat sijaitsevat nyt osissa keisarillisia kokoelmia. Esimerkiksi sulttaanien muotokuvat sijaitsevat Privy-kamarin makuusalissa, ja keisarillinen vaatekaappi on kampanja-asuntolassa. Monet molempien kokoelmien esineistä esittelevät palatsin käsityöläisten taitoja sekä tekniikan ja muodin muutoksia. Katsojat voivat nähdä merkittävän pukeutumisen 1800-luvulla esimerkiksi vaatekaapin ja muotokuvakokoelman kautta, kun Euroopan armeijan vaatekappale korvasi sulttaanin kaftanin ja fez korvasi turbanin.
Yksi palatsin tunnetuimmista kokoelmista on keisarillisten jalokivien kokoelma, joka sijaitsee Valloittajan paviljongissa, myös kolmannella pihalla. Maatiloihin kuuluvat ns. Spoonmaker's Diamond, joka on yksi suurimmista leikattujen timanttien joukosta maailmassa, ja smaragdi Topkapı Dagger, joka aiheutti juonittelua 1964-Kapper-elokuvassa. Kuten museon kokoelman muut osat, korukokoelma todistaa Ottomaanien valtakunnan suureen rikkauteen.
Kolmannen sisäpihan keskustaa käyttää Sultan Ahmed III -kirjasto, joka on ylellisesti sisustettu kuten monet palatsin rakennukset maalatuilla laatoilla, lasimaalauksilla ja ikkunaluukut helmiäis- ja norsunluunäytöllä. Kirjakokoelma yhdistettiin muihin palatsikirjoihin 1900-luvulla ja siirrettiin Aghas-moskeijaan, joka on palatsin suurin moskeija ja sijaitsee vieressä. Topkapı-palatsin kokoelmaan sisältyy harvinaisia käsikirjoituksia, havainnollistettuja tilauksia ja varhaisia kopioita Koraanista, jotka kaikki tutkijat voivat katsoa lukutilaan.
Neljäs piha
Kolmas piha ulottuu neljänteen sisäpihalle, joka koostuu pääasiassa rivipuutarhoista ja paviljongista. Siinä asuvat rehevästi sisustettu ympärileikkauskamari, Bagdadin paviljonki ja Jerevanin paviljonki. Yksi neljännen sisäpihan erottuvimmista rakenteista on viehättävä kullattu pronssi Iftar Pergola, jossa sulttaanit rikkoisivat nopeasti, jos Ramadan putoaa kesällä. Monet ottomaanien sulttaanit olivat kiinnostuneita kukista ja puutarhanhoidosta, ja neljäs pihapiha on täynnä tulppaaneja, aivan kuin ne olisivat ottomaanien hallituskauden aikana.
Haaremi
Haaremi oli sulttaanin perheen asuintilaa ja jaettiin tiukasti sukupuolen mukaan. Se tuli myös 1500-luvulla sulttaanin asuinpaikaksi, kun Murad III: lla oli rakennettu asuntoja. Kuten muu palatsi, myös haaremia kunnostettiin jatkuvasti ja se kasvoi tarpeen mukaan. Tuloksena on melko pienikokoinen asettelu ja monet arkkitehtuurityylit.
Haaremiin pääsemiseksi tai poistumiseksi asukkaiden oli kuljettava mustien eunukkien päällystetyn pihan läpi pääportille, jota kutsutaan myös kuninkaalliseksi portiksi. Mustat eunuhkat vartioivat haaremia ja ne ostettiin todennäköisesti valloitettujen maiden orjamarkkinoilla ja kastroitiin ennen murrosiä. Kuten kuninkaalliset sivut, eunukit saivat palkkaa ja seurasivat meritokratiaa, mutta toisin kuin sivut, vain muutama eunukki vapautettiin. Heidän asuintilojensa sekä rahastonhoitajakamari ja Prinssien koulu ympäröivät tätä pihaa.
Pääportin ohitse on kuningataräidin kivetty piha, haaremin suurin ja keskeisin piha. Kuningattaren äiti oli voiman keskus haaremissa. Validelluksi sulttaaniksi kutsuttu hän oli pääkonsortti, jonka poika nousi valtaistuimelle. Hänellä oli myös merkittävä vaikutus sulttaaniin, joka pysähtyi keskitetysti sijaitseviin huoneistoihinsa joka aamu ilmoittaakseen hänelle valtion asioista.
Sultanin huoneistot yhdistettiin kuningattaren äitiin valkoisen marmorisen tuplahammam, turkkilaisen saunan kautta. Yksi hammam-sivu oli varattu sulttaanille ja toinen haaremin naisille. Loppuosa sulttaanin asuinpaikkaan kuuluu valtaistuin sali ja kolme salakammioa. Murad III: n Privy-huone on haaremin vanhin ja parhaiten säilynyt rakennus, jonka on suunnitellut yksi Ottomaanien valtakunnan kuuluisimmista arkkitehdista Sinan. Kupolisti on koristeltu yksityiskohtaisesti İznik-laatoilla ja muokkaamalla Kournaan jakeita kalligrafialla. Toisen varahuoneen, nimeltään hedelmähuone, lisäsi Ahmed III, ja se on epätavallisesti sisustettu herkästi lakattuilla hedelmillä ja kukilla.
Myös sulttaanin pojat, tyttäret, veljet ja sisaret asuivat haaremissa ja käyttivät yhtä haaremin sadasta huoneesta. Esimerkiksi kaksoispaviljongit olivat todennäköisesti sulttaanin poikien asuinhuoneita, jotka alkoivat 1800-luvulta.
Haaremissa oli myös naispuolisten palvelijoiden, jalkavaimojen ja sulttaanin pääkonsorttien asuintiloja, ja huoneisiin päästiin pääportin ulkopuolella sijaitsevien jalkavaimojen gallerian kautta. Monet näistä naisista tulivat lahjoina tai ostoina orjamarkkinoilta, kun he olivat nuoria tyttöjä, ja kuten muut palatsin palvelijatkin, he seurasivat meritokratiaa. He suorittivat huoltotehtäviä saaneensa palkkaa ja koulutustaan joko tulla vaimoksi yhdelle sivulle tai jalkavaimo sulttaanille. Jos valitaan tulla jalkavaimoksi, nuori nainen voi nousta riveille ja saada parempaa majoitusta, mikä merkitsee, että jos hän synnytti sultanin lapsen. Jos lapsi oli valtaistuimelle noussut mies, jalkavaimo omaa sitten haaremin tehokkaimman aseman kuningattarenäitänä. Suurin osa haaremin tytöistä vapautettiin kuitenkin 16 tai 17-vuotiaana ja menivät naimisiin koulutuksensa jälkeen.
