Luokittelu luonnollisten hahmojen perusteella
Linnaeus ei pitänyt seksuaalista järjestelmää hänen pääpanoksenaan kasvitieteen uudistamisessa, johon hän pyrki. Hänen pääpanoksensa oli kirjasen Fundamenta Botanica (1736; ”Kasvitieteen perusta”) muodossa, joka määritteli periaatteet ja säännöt, joita kasvien luokittelussa ja nimeämisessä on noudatettava.
Vuonna 1735 Linnaeus tapasi Boerhaaven, joka esitteli Linnaeuksen George Cliffordille, paikalliselle englantilaiselle kauppiaalle ja pankkiirille, jolla oli läheiset yhteydet Hollannin itä-intialaiseen yritykseen. Linnaeusin tietämyksestä vaikuttuneena Clifford tarjosi Linnaeukselle kasvitieteellisen puutarhan kuraattorin tehtävän. Linnaeus hyväksyi kannan ja käytti tätä tilaisuutta laajentaakseen tiettyjä Fundamenta Botanican lukuja erillisissä julkaisuissa: Bibliotheca Botanica (1736; ”Kasvitieteellinen kirjasto”); Critica Botanica (1737; ”A Critique of Botany”), kasvitieteellisestä nimikkeistöstä; ja Classarit Plantarum (1738; ”kasviluokat”). Hän sovelsi näissä kirjoissa vahvistettuja teoreettisia puitteita kahdessa lisäjulkaisussa: Hortus Cliffortianus (1737), luettelo Cliffordin kokoelmassa olevista lajeista; ja Genera Plantarum (1737; ”Kasvien suvut”), joka muutti ja päivitti Tournefortin ensin tarjoamien kasvisukujen määritelmiä.
Genee Plantarum oli Linnaeuksen mielestä hänen kruunuttava taksonominen saavutus. Toisin kuin muiden kasvitieteilijöiden aikaisemmat yritykset määritellä geneerinen määritelmä, joka eteni joukon mielivaltaisia jakoja, Genera Plantarum esitti järjestelmän, joka perustuu siihen, mitä Linnaeus kutsui sukujen "luonnollisiksi hahmoiksi" - kukan ja hedelmän kaikkien osien morfologisiin kuvauksiin. Toisin kuin mielivaltaisiin jakoihin perustuvat järjestelmät (mukaan lukien hänen oma seksuaalijärjestelmänsä), luonnonhahmoihin perustuva järjestelmä voisi mukautua kasvavaan määrään uusia lajeja - joilla on usein erilaisia morfologisia piirteitä -, jotka kaatavat Eurooppaa merentakaisten kauppapaikkojen ja siirtokuntien kautta.
Linnaeuksen ero organismien keinotekoisen ja luonnollisen luokittelun välillä herätti kuitenkin kysymystä mekanismista, jonka avulla organismit voivat laskea luonnollisiin hierarkioihin. Hän pystyi vastaamaan tähän kysymykseen vain lajien suhteen: lajit olivat Linnaeuksen mukaan muodoltaan samanlaisia, koska ne olivat peräisin samasta vanhempien parista, jotka Jumala oli luonut maailman alussa. Monet hänen aikalaisistaan jakoivat samanlaisen laji-käsitteen. Yksi tällainen huomattava henkilöhahmo oli ranskalainen luonnontieteilijä Georges-Louis Leclerc de Buffon, joka osallistui tuolloin samanlaiseen kaikenkattavaan luonnonhistoriaprojektiin - vaikka Buffon epäili luonnollisten sukujen, tilausten tai luokkien olemassaoloa. Linnaeus yritti selittää näiden jakautumisten olemassaolon hybridisaation yhteydessä; Luonnollisia hierarkioita koskeva kysymys ei kuitenkaan saanut tyydyttävää vastausta, ennen kuin englantilainen luonnontieteilijä Charles Darwin selitti samankaltaisuutta alkuperälajillaan (1859).
