Kun Neuvostoliitot tulivat valtaan Länsi-Turkestanissa, lupaten tasa-arvoa ja kehitystä kaikille etnisille ryhmille, kirgisia sai oman autonomisen alueensa vuonna 1924. Vuonna 1926 se nostettiin autonomisen tasavallan asemaan, ja vuonna 1936 siitä tuli unioni. Tasavallan tasavalta Neuvostoliitossa Vuonna 1953 Kirgizin SSR hyväksyi muutetun version Neuvostoliiton punaisesta bannerista lisäämällä valkoisen reunuksen sinisen vaakaraidan keskelle. Kun Kirgisia julisti itsenäisyytensä 31. elokuuta 1991, se jatkoi Neuvostoliiton lipun käyttöä 3. maaliskuuta 1992 asti.
Uuden lipun, jota käytetään edelleenkin, tausta on myös punainen, mutta sen sanottiin johtuvan kirgisin kansallissankarin Manas the Noblen lipusta. Lippun keskellä on keltainen aurinko 40 säteellä, jotka vastaavat Manasin seuraajia ja heimoja, joita hän yhdisti; sen muut symboliset ominaisuudet ovat valo, jalo ja ikuisuus. Tuo aurinko on puna-keltainen tunnus, jossa on kaksi ristikkäistä kolmen viivan sarjaa, jotka kaikki ovat renkaan sisällä. Tämä on tyylitelty näkymä perinteisen kirgisian kodin katolle, jurtalle. Harva kirgisia asuu edelleen jurtteissa, mutta 1900-luvun puoliväliin saakka suurin osa näistä nomadilaisista ihmisistä perusti jurtteja missä he matkustivat. Tämän mallin symbolinen merkitys on yksityiskohtainen: lippulaki puhuu elämän alkuperästä, ajan ja tilan yhtenäisyydestä, kirgisien historiasta, yhteisvastuullisuudesta, ja tulisijasta ja kodista.
