Ison-Britannian Basutolandin protektoraatti perustettiin vuonna 1868 estämään Basothon vuorikuntakunta Etelä-Afrikan imeytymiseltä. Siksi Basotho (eteläinen Sotho) lensi Union Jackiin ja heillä ei ollut tarpeeksi omaa kansallislippua. Vuosikymmeniä myöhemmin kansallinen lippu suunniteltiin nostettavaksi itsenäisyyspäivänä, 4. lokakuuta 1966, kun kansakunta tuli tunnetuksi Lesoton kuningaskuntana. Pääministeri, pääjohtaja Leabua Jonathan, halusi käyttää oman hallitsevansa Basothon kansallispuolueen lippua, jolla oli neljä yhtä suurta vaakaraidaa ylhäältä alaspäin sinisellä, valkoisella, punaisella ja vihreällä. Muut osapuolet vastustivat sitä, ja sen sijaan kansallisessa lipussa näkyi vihreä, punainen ja sininen pystysuunnassa valkoisella siluettiversiona tyypillisestä Sotho-olkihatusta.
Armeija kaatoi Jonathanin hallituksen vuonna 1986, ja uusi lippu nostettiin 20. tammikuuta 1987. Jaettu diagonaalisesti se sisälsi valkoisen rauhan kolmion, jossa ruskeat muodot olivat Basothon vaakunan suunnitteluelementtejä. Siluetissa olevaa eläimen ihon suojaa täydensi strutsi-höyhenillä varustettu henkilöstö ja perinteiset aseet, assegai ja knobkerrie. Ne muistuttivat menneisyyden taisteluita, jotka olivat säilyttäneet Basoton itsenäisyyden. Vihreä kolmio lipun alla olevassa päässä oli vaurauden kannalta, ja sininen raita muiden värien välillä symboloi sadetta. Lippun on suunnitellut Basothon sotilas. Teknisillä neuvoilla on antanut Etelä-Afrikan osavaltion pääjohtaja Frederick Brownell.
Uusi lippu nostettiin 4. lokakuuta 2006 Lesothon itsenäisyyden 40. vuosipäivän kunniaksi. Se koostuu kolmesta vaakaraidasta, jotka ovat samoissa väreissä kuin edellinen lippu, mutta valkoisella raidalla, joka on nyt keskellä ja jonka mustana siluettina on esitetty perinteinen Sotho-olkihattu.
