Aikaisemmin Ison-Britannian siirtomaa, Seychellit tuli itsenäiseksi 29. kesäkuuta 1976. Tuolloin nostetussa lipussa oli vuorotellen sinisen ja punaisen kolmiota, erotettuna valkoisella lävistäjällä. Ehkä ei sattumalta, lippu oli melkein täsmälleen sama kuin Australian yhdysvaltalainen höyrynavigointiyhtiö, jonka alukset vierailivat saarilla säännöllisesti 20. vuosisadan alussa. Lippu ei kestänyt kauan: 5. kesäkuuta 1977 tapahtui vallankumous Seychellien kansanpuolueen (SPUP) johdolla. Uudessa lipussa oli punaisen yli vihreän vaakaraidat, jotka erotettiin aaltoilevalla valkoisella nauhalla, joka oli sama kuin SPUP-lippu lukuun ottamatta keltaisen auringon jättämistä keskelle.
Vuonna 1993 ulkomaisten valtioiden painostus johti hallituksen demokratisoitumiseen. Hallitseva puolue menetti monopolinsa vaaleissa, ja muiden puolueiden osallistuminen hallitukseen johti vaatimukseen vähemmän puolueellisesta kansallisesta lipusta. Parlamentti hyväksyi suunnittelun, joka sisältää eri puolueiden värit lipussa, joka nostettiin 18. kesäkuuta 1996. Lippun värit ovat sininen (taivaalle ja merelle), keltainen (henkeä antava aurinko), punainen (ihmiset ja heidän työnsä yhtenäisyyden ja rakkauden puolesta), valkoinen (sosiaalisen oikeudenmukaisuuden ja harmonian puolesta) ja vihreä (maata ja luonnollista ympäristöä varten).
