Japanin ortodoksinen kirkko, itäisen ortodoksisen kirkon autonominen elin, kanonisessa suhteessa Moskovan patriarkaattiin, mikä vahvistaa Tokion metropolin valitsemisen. Japanin ortodoksinen kirkko luotiin erinomaisen lähetyssaarnaajan Nikolay Kasatkinin (1836–1912) ponnisteluista. Hänestä tuli ensimmäinen Japanin ortodoksinen arkkipiispa ja hänet pyhitettiin vuonna 1970.
Lähetystyön alusta (1872) lähtien kirkko ei ollut koskaan riippuvainen ulkomaalaisista lähetyssaarnaajista. Japanilaiset papit nimitetään sen jälkeen, kun he ovat saaneet koulutuksen Tokiossa pidetyssä seminaarissa, ja papit ja maallikot ovat kokonaan hallinnassa kirkon asioissa. Tämä japanilaisen ortodoksian alkuperäiskansojen luonne antoi mahdolliseksi selviytyä useista poliittisista oikeudenkäynneistä ja eristäytymiskausista, kuten Venäjän ja Japanin sodasta ja kahdesta maailmansodasta. Vuosina 1945 - 1970 kirkko oli Venäjän metropoliittisen Amerikan kirkon lainkäyttövallassa. Vuonna 1970 se sai pysyvän itsenäisen perussäännön Moskovan patriarkaatista, emokirkostaan. Tokion ortodoksinen katedraali, nimeltään Nikolay Cathedral, perustajalleen Nikolay Kasatkinille, on yksi Japanin pääkaupungin suurimmista uskonnollisista rakennuksista. Noin 30 000 jäsentä käyttävällä kirkolla on hiippakuntia Tokiossa, Kyotossa ja Sendaissa.
