Martin H. Rathke, (syntynyt 25. elokuuta 1793, Danzig, Preussia [nykyinen Gdańsk, Puola] - kuollut 3. syyskuuta 1860, Königsberg [nyt Kaliningrad, Venäjä]), saksalainen anatomisti, joka kuvasi ensin kärjen rakoja ja kärjen kaaria. nisäkkäiden ja lintujen alkioissa. Hän kuvasi myös ensimmäisen kerran vuonna 1839 alkion rakenteen, jota nykyään kutsutaan Rathken pussiksi, josta aivolisäkkeen etupinta kehittyy.
Rathke lopetti kymmenen vuoden lääketieteellisen käytännön kotikaupungissaan, kun hänestä tuli Dorpatin yliopiston fysiologian professori ja myöhemmin (1835) Königsbergin eläintieteen ja anatomian professori. Erinomainen embryologi Rathke ajatteli, että kiemarikaaret olivat esi-isien käärien jäänteitä, mutta hän tunnusti myös niiden merkityksen liittyvien verisuonten myöhemmässä kehityksessä. Rathke teki myös uraauurtavaa tutkimusta merieläintieteessä. Hänet valittiin Royal Society -kumppaniksi vuonna 1855.
