Arkkipiispana
Canterburyn näkemä oli tyhjä melkein vuoden Theobaldin kuoleman jälkeen. Thomas oli tietoinen kuninkaan aikomuksesta ja yritti varoittaa häntä varoittamalla siitä, mitä tapahtuu. Henry jatkoi ja Thomas valittiin. Pyhitettyään kerran Thomas muutti sekä näkemyksiään että elämäntapaansa. Hänestä tuli innokas ja karu ja omaksui paavinrakenteen olennaisen ohjelman ja sen kaanonlain. Tämä mahtava muutos on hämmentänyt historioitsijoita, ja yritetty useita selityksiä: että Thomas oli päihtynyt hallituspyrkimyksestään tai että hän heitti itsensä, kuten ennenkin, osaan, jonka hän oli suosinut pelaamaan. On yksinkertaisempaa olettaa, että hän hyväksyi vihdoin henkiset velvollisuudet, jotka hän oli jättänyt huomiotta liittokanslerina, ja kääntyi uudelle kanavalle sekoitetun energiansa, luonteen voimansa, kiihtyvyytensä ja värinän. Henryn epätoivosta johtuen hän erosi heti välimieskunnan edustajasta, mutta tarttui arkkitehtuuriin, kunnes kuningas pakotti eroamaan.
Henry oli ollut Normandiassa elokuusta 1158 lähtien, ja palattuaan tammikuussa 1163 Thomas aloitti taistelun vastustamalla verotusehdotusta ja lähettämällä ulkomaille johtavan paronin. Vakavampi oli hänen asenteensa "kriminaalisissa virkamiehissä". Länsi-Euroopassa syytetyt pappilaiset olivat pitkään nauttinut etuoikeudesta seisoa oikeudenkäynnissä piispan sijasta maallisissa tuomioistuimissa ja yleensä saaneet lievempiä rangaistuksia kuin maallikoiden tuomioistuimet arvioivat. Englannissa ennen Normanin valloitusta tämä oli edelleen tapana. Pappishenkilöitä voidaan alentaa tai karkottaa, jos ne tunnustetaan syylliseksi kirkollisessa tuomioistuimessa, mutta he eivät ole vaarassa kuolemaan tai silpomiseen. 60 vuotta Normanin valloituksen jälkeen papistisesta rikollisuudesta tai sen rankaisemisesta on kuullut vähän, kun taas mantereella gregoriaaniset uudistajat pyrkivät korostamaan kirkon yksinoikeutta yrittää rangaista toimihenkilöitä suurissa määräyksissä. Thomasin kanta, jonka mukaan piispa voi halventaa syyllistä virkamiestä ja rangaista sitä, mutta maallikkovalta ei saisi rangaista sitä uudelleen - ”ei kahdesti samasta syystä” - oli kanonisesti kiistanalainen ja lopulta voittanut. Henryn väite, jonka mukaan papistinen rikollisuus oli yleistä ja että sitä rohkaistiin dramaattisten seuraamusten puuttumisella, kiittää nykyaikaisia lukijoita oikeudenmukaisena. Mutta on muistettava, että kuninkaan motiivit olivat pikemminkin autoritaarisia ja hallinnollisia kuin valaistuneita. Siitä huolimatta voidaan ajatella, että Thomas oli huomaamatta jäykässä kannassaan asiasta.
Asia yhdistettiin Westminsterin neuvostoon (lokakuu 1163), mutta kriisi tuli Clarendonissa (Wiltshire, tammikuu 1164), kun kuningas vaati maailmanlaajuista suostumusta kaikkiin perinteisiin kuninkaallisiin oikeuksiin, rajoitettiin kirjoittamiseen alle 16 päätä ja tunnetaan nimellä Clarendonin perustuslakit. He vakuuttivat kuninkaan oikeuden rangaista rankaisevia virkamiehiä, kieltäytyivät kuninkaallisten virkamiesten lähettämisestä ja vetoomuksista Roomaan ja antoivat kuninkaalle vapaista näkemyksistä saatavat tulot ja vallan vaikuttaa piiskopäiviin. Henryllä oli perusteltu sanonta, että Henry I oli käyttänyt näitä oikeuksia, mutta myös Thomas pystyi perustellusti väittämään, että ne olivat kirkon lain vastaisia. Hyväksyessään suullisesti Clarendonin perustuslain, Thomas peruutti puoltavan lausunnon ja vetoaa Ranskan paaviin, joka tuki häntä samalla, kun se vähensi saostumista.
Riita Henryn kanssa
Hyvät suhteet Thomasin ja Henryn välillä olivat nyt lopussa; kuningas kutsui arkkipiispan oikeudenkäynnin kohteeksi feodaalisessa velvoitteessa. Northamptonin neuvostossa (6. – 13. Lokakuuta 1164) oli selvää, että Henry aikoo pilata ja vangita tai määrätä arkkipiispan eroamisen. Jotkut piispat, mukaan lukien Lontoon piispa Gilbert Foliot, rohkaisivat häntä tässä. Thomas pakeni valepuvussa ja pakeni Ranskan Louis VII: n kanssa. Paavi Aleksanteri III sai hänet kunniaksi, mutta epäröi toimia päättäväisesti hänen hyväkseen pelkääessään, että hän saattaa heittää Henryn Pyhän Rooman keisari Frederick I: n ja hänen antioppeensa Paschal III: n aseisiin.
Thomasin maanpako kesti kuusi vuotta (2. marraskuuta 1164 - 2. joulukuuta 1170). Hänen joukkoon liittyi monia hänen arvostettuja kotitalouksiaan ja asui askeettisesti ensin Pontigny-luostarissa ja sitten, kun Henry uhkasi munkkeja, Sensin lähellä sijaitsevassa luostarissa. sukulaisia. Seuraavina vuosina sovittelulle tehtiin useita epäonnistuneita yrityksiä, mutta kuninkaan uudet vihamielisyydet ja Thomasin vastustajien vastustamat ulkomaanviestinnät julistivat taisteluita.
Piispat olivat jakautuneet, mutta suurin osa heistä, Foliotin johdolla, olivat joko vihamielisiä Thomasille tai epäröivät tukea häntä. Paavin edustajat yrittivät useammin kuin kerran toimia välittäjänä, ja kuningas ja arkkipiispa kokoontuivat Montmirailiin vuonna 1169 vain osana vihaa. Thomas epäili kuningasta, ja hän puolestaan vihasi häntä. Samana vuonna Henry teki lisäyksiä Clarendonin perustuslakiin, käytännössä vetäen Englannin pois paavin tottelevaisuudesta. Viimeinkin vuonna 1170 hän sai vanhimman poikansa kruunaamaan apukuningasksi Yorkin arkkipiispa, Becketin vanha kilpailija.
Tämä oli räikeä rikkomus paavin kiellosta ja Canterburyn muistamattomasta oikeudesta kruunata kuningas. Thomas, jota seurasi paavi, ilmoitti kaikesta vastuusta. Henrik, joka pelkäsi Englannista johtuvaa tuomiota, tapasi Thomasin Frétevalissa (22. heinäkuuta), ja sovittiin, että Thomasin tulisi palata Canterburyn ja vastaanottaa kaikki näkemänsä omaisuus. Kumpikaan osapuoli ei vetäytynyt Clarendonin perustuslakia koskevasta kantansa, jota tässä yhteydessä ei mainittu. Tämä "avoin" -konkordaatti on pysynyt selittämättömänä tapahtumana. Thomas palasi Canterburyn (2. joulukuuta) ja sai hänet innostuneena, mutta vihamielisten kuninkaallisten palvelijoiden entistä vapauttamista, kieltäytymistä lopettamasta Yorkin Rogerin ja Foliotin tiedustelu ja hänen suostuvansa väkijoukkojen ankaraan suostumukseen raivostutti Henry Normandiaan.
