John Cotton, (syntynyt 4. joulukuuta 1585, Derby, Derbyshire, Englanti - kuollut toukokuussa 23., 1652, Boston, Massachusetts), vaikutusvaltainen New England Puritan -johtaja, joka toimi pääasiassa "opettajana" ensimmäisen kirkon Boston (1633–52) pahoinpitelyn jälkeen epäkonformistien vainosta Englannin kirkossa.
Koulutukseltaan Trinity Collegessa, Cambridge, Cottonista tuli Pietarin Botolphin seurakunnan kirkon vikaari Bostonissa, Lincolnshiressä vuonna 1612 ja pysyi siinä virkaa 21 vuotta. Tänä aikana hänestä tuli vähitellen puritaanisempi näkökulmasta ja hän lakkasi noudattamasta tiettyjä anglikaanisia uskonnollisia rituaaleja hoitaessaan tehtäviään. Vuonna 1632 häntä vastaan aloitettiin oikeustoimet epäkonformismin vuoksi, ja heinäkuussa 1633 hän muutti Massachusettsin lahden siirtokuntaan, jossa hänestä tuli Bostonin ensimmäisen kirkon ”opettaja” ja pysyi näin kuolemaansa asti. Hänen suosionsa siirtokunnassa ei ollut rajatonta, ja hänen vaikutusvallansa sekä siviili- että kirkollisissa asioissa oli todennäköisesti suurempi kuin millään muulla teokraattisen Uuden-Englannin ministerin.
Cotton kirjoitti useita teoksia, jotka muodostavat korvaamattoman näyttelyn New England -kongregaationismista, mukaan lukien Uuden Englannin Kristuksen kirkkojen tapa (1645) ja Kirkon puhdistettujen kirkkojen tapa (1648). Hänen kirjoittamaa katekismia, maitoa vauvoille, vedetty molempien testamenttien rinnoista (1646), käytettiin monien vuosien ajan Uudessa-Englannissa laajalti lasten uskonnollisessa opetuksessa.
