Michael Haydn, kokonaisuudessaan Johann Michael Haydn, (kastettu 14. syyskuuta 1737, Rohrau, Itävalta - kuollut 10. elokuuta 1806, Salzburg), yksi myöhemmin 1700-luvun kokeneimmista kirkkomusiikin säveltäjistä. Hän oli Joseph Haydnin nuorempi veli.
Michael Haydnista tuli hänen veljensä tavoin kuoropoika Wienin Pyhän Tapanin katedraalissa vastaanottaen varhaisen musiikillisen opastuksensa siellä. Hänet erotettiin kuorokoulusta, kun hänen äänensä rikkoi, ja hän ansaitsi sitten epävarman toimeentulon freelance-muusikkona. Vuonna 1757 hänestä tuli kapellmeister Grosswardeinin piispalle Unkarissa (nykyinen Oradea, Rooma), ja vuonna 1762 hänestä tuli konserttimestari Salzburgin arkkipiispalle. Hän pysyi Salzburgissa konserttimestarina loppuelämänsä ajan ja seurasi Wolfgang Amadeus Mozartia katedraalin urkurina vuonna 1781.
Michael Haydnia pidettiin elämänsä aikana parempana kirkkomusiikin säveltäjänä kuin hänen veljensä. Monista kirjoittamistaan joukoista Missa a due cori (tunnetaan myös nimellä Missa Hispanica; 1786) on erinomainen teos orkesterille ja laulajille. Hänen Requiem (1771) vaikutti Mozartin kuuluisaan Requiemiin vuonna 1791. Haydn kirjoitti myös lukuisia sinfonioita, divertimenti, ja muut maalliset koostumukset. Hän oli läheinen ystävä Mozartille (joka kirjoitti viulu-alttoviirodonsa suorittaakseen toimeksiannon, jonka Haydn oli liian sairas loppuunsaattamiseksi) ja oli Carl Maria von Weberin opettaja. Hänen kuolemansa jälkeen Haydnin maine kärsi pitkän häipymisen, ja vasta toisen maailmansodan jälkeen hänen ansioitaan tunnustettiin jälleen.
